بررسي بيوانفورماتيكي عملكرد سلول هاي بنيادي سرطاني به عنوان بيوماركرهاي تشخيصي در گليوبلاستوما مالتي فورم

بندرانزلي

زمينه و هدف: گليوبلاستوما مولتي فرم (GBM) شايع¬ترين و بدخيم¬ترين گليوم آستروسيتي است كه 90 درصد تومورهاي مغزي را تشكيل مي¬دهد. درك مكانيسم‌هاي مولكولي انكوژن‌ها مي‌تواند به تشخيص و درمان زودهنگام كمك كند. سلول¬هاي بنيادي سرطاني (CSCs) را مي¬توان شناسايي كرد و به عنوان نشانگرهاي زيستي درماني در GBM استفاده كرد. مسير PI3K/ Akt/ mTOR ارتباط نزديكي با رشد GBM، متابوليسم، بقا، رگزايي، اتوفاژي و مقاومت در برابر شيمي درماني دارد. بررسي بيوانفورماتيك براي طراحي مداخلات درماني موثر بسيار مهم است. مواد و روش¬ها: براي شناسايي ژن‌هاي بيان شده متفاوت، مجموعه داده ريزآرايه GSE23806 كه حاوي داده¬هاي بيان رده¬هاي سلولي شبه گليوبلاستوما، رده¬هاي سلولي گليوما معمولي و تومورهاي اوليه است از ديتابيس GEO به عنوان يك پايگاه داده ژنومي كاربردي با استفاده از بسته GEOquery در زبان برنامه نويسي R دانلود خواهد شد. پكيج limma براساس بسته Bioconductor در زبان برنامه نويسي R براي سنجش ميزان بيان RNA ها با معيارهاي 1 log2FoldChange ≥ و 01/0 adj- Pvalue <مورد بررسي قرارخواهد گرفت. اين معيارها از نظر آماري معني¬دار در نظر گرفته خواهد شد. يافته¬ها: اين مطالعه از داده‌هاي ريزآرايه از 32 رده سلولي گليوما و 23 رده سلول‌هاي بنيادي شبه گليوبلاستوما براي تجزيه و تحليل بيان ژن استفاده كرد. بسته ليما براي اندازه¬گيري بيان RNA، شناسايي 1212 ژن با بيان بيش از حد در نمونه¬هاي گليوما و 5224 ژن با بيان بيش از حد در نمونه¬هاي طبيعي مورد استفاده قرار گرفت. مجموعه داده¬هاي GSE23806 و GEPIA2 355 ژن مشترك با افزايش بيان را شناسايي كردند و از تكنيك Kaplan- Meier براي تجزيه و تحليل بقاي بيمار استفاده شد. 12 ژن در بقاي بيمار نقش دارند و 6 ژن به طور قابل توجهي غني شده بودند. نتيجه¬گيري: اين تحقيق با استفاده از مجموعه داده‌هاي ريزآرايه‌اي GSE23806، ژن‌هاي بيان‌شده متفاوت را در رده‌هاي سلولي بنيادي شبه گليوبلاستوما، رده‌هاي سلولي گليوما طبيعي و تومورهاي اوليه تجزيه و تحليل مي‌كند. اين نشان مي‌دهد كه عملكرد سلول‌هاي بنيادي سرطاني در مسيرهاي مختلفي به‌عنوان نشانگرهاي زيستي تشخيصي در گليوبلاستوما مولتي‌فرم دخيل است كه نشان‌دهنده نقش آن‌ها در عوارض بيماري است. واژگان كليدي: گليوبلاستوما مالتي فورم، بيوانفورماتيك، سلول¬هاي بنيادي سرطاني، سلول¬هاي سرطاني گليوما، مسير سيگنالينگ

232515

علوم پزشكي گيلان